1936年7月，王之佑被调任伪军政部参谋司司长。这一任命，对于从小在陆军小学堂直至保定陆军军官学校受过正规训练的王之佑来说，真乃所谓“适材适所”，有一种如鱼得水的感觉。当然在编制军事计划，统管军务，执行军法等方面，对于曾任过中将参谋长的他，是驾轻就熟的，再加上“小诸葛”的机敏头脑，他很想借此机会，进一步显露才能，获得关东军的彻底信任，洗掉自己身上“哈尔滨保卫战前线总指挥”的印记。

王之佑果然干得很出色，他这个参谋司长工作，连最挑剔的佐佐木到一最高顾问都表示满意，凡经他的手下达的各项计划做得周密有方，发布的命令及时明确。可这是一些什么样的计划与命令呢?这些计划与命令都是讨伐抗日军队的，甚至不少都是针对昔日与他并肩战斗过的战友的，他这个参谋司长不折不扣地成了日本关东军手中的“一把刀”，被日本侵略者操纵着，向自己同胞头上砍去。

由最高顾问佐佐木到一提出，经王之佑的手做成了1936年秋季东边道独立大讨伐的作战计划与命令。命于琛澂任讨伐总司令，派出6个旅的兵力，在通化地区对杨靖宇、王凤阁等抗日武装力量进行“围剿”，前后费时约1年，于1937年5月才结束。中间交战200余次，死伤抗日部队约在千人以上。

1个月以后，即1937年6月，王之佑又下达计划，继续进行东边道讨伐，由王静修统兵直至1938年春天才告一段落。这次讨伐以打击王凤阁为主攻目标，结果王凤阁被俘，英勇不屈，从容就义，王所部约有600人死伤。

最后，王之佑又规划了1938年至1939年由王殿忠的第一军管区在东边道一带再次进行讨伐。总之，经王之佑这位参谋司长连续4次组织伪军对东边道抗日根据地进行讨伐，严重打击了我抗日武装，其中尤以抗联一军所受损失最大。

以后，王之佑还核准于琛澂的三江讨伐计划，并帮助调集伪军精锐---靖安军和兴安军绰罗巴图尔的两个骑兵团赶到富锦、宝清进行增援，对赵尚志、夏云阶、周保中等在下江活动的抗联各军进行讨伐。

此外，在“七·七”事变后，他又协助佐佐木到一做出派遣伪军出兵华北的计划，帮助日寇扩大侵略战果，先后派遣热河支队向南口后方长城线上发动进攻，派出石兰部队进驻怀柔乃至北平近郊高丽子一带协助日军防护，派出甘支队在密云、平谷、蓟县骚扰八路军，掠夺杀伤无辜百姓。

由于筹划了以上这些军事讨伐行动，他成了关东军心目中称职的“参谋司长”，加上他又在1937年配合鹫峙研太，成功地收抚了由于不满于“肃军”而行兵变拉向山里的赫奎武团。为此，王之佑被晋升为中将，虽然这个官阶对他来说等于恢复，因为“九·一八”事变前，他就已是中将军衔了。

然而，王之佑心里明白，这个“恢复”也不简单，它表明关东军已开始解除了对他的戒心。他个人的目的是达到了，但他却变成了佐佐木到一手中的刀，刀上沾满了自己同胞，其中也有曾是战友的血，这个代价是沉重的，残酷的。

王之佑为保住个人名位与身家性命，他甘愿做日本顾问手中的刀。升任中将之后，1935年5月，王之佑调任伪军第八军管区司令官，驻防通化。第八军管区是刚刚设立的，目的是为了彻底解决“满洲治安之癌”的通化地区的“匪患”问题，王之佑出任这一讨伐重点地区的司令官，其所承担的任务是不言自明的。

果然，他上任不久，即奉命将下属驻于抚松的第一旅，驻在临江的第二旅二团，驻在林子头的骑兵第四团，驻在金川的第三旅，驻在辑安的骑兵第八团，驻在通化的第八教导队等分别集结起来，参与了由野副昌德指挥的1939年8月至1940年8月为期一年的吉林通化地区联合“大讨伐”。

王之佑第八军管区所部，从南向北配合日军与警宪部队向山里推进，他将部队拉成散兵线，漫山遍野进行搜索，遇有抗联部队即进行合围包抄，发现居民山寨即放火烧毁……。在这次大讨伐中，王之佑的3个旅团与抗联发生较大战斗23次。

1940年1月，王之佑所部第一旅与杨靖宇将军的抗联一军发生过激烈的战斗，一次抗联将士即死伤70余人。也正是在这次“大讨伐”中，杨靖宇将军不幸壮烈殉国，当古见守备大队长携杨将军遗首“凯旋”通化时，王之佑居然舰颜去守备大队部迎接，并祝贺其“战功”。

既然王之佑如此不顾民族大义，关东军也乐得好好使用他这把刀，因此当抗联三军在开辟龙北龙南游击区后，于黑嫩平原开展英勇的游击战，先后攻下讷河县城、克山西城镇、讷河讷南镇等县镇，给日伪当局的所谓“治安”以极大威胁。

为扑灭黑嫩平原烧起的抗日烈火，伪军政部又于1940年8月调王之佑任该防区的第三军管区司令官，驻于齐齐哈尔。当时王明贵领导的抗联三支队以朝阳山为后方基地，在嫩江、讷河、德都甘南、布西、阿荣旗、扎兰屯、景星一带活动，他们以骑兵为主，巧妙地运用游击战术，及时地离合聚散，纵马奔驰在纵横数百里的草原上。

面对这种情势，王之佑这把刀又被日本军事顾问们挥舞起来了。他上任伊始，就积极策划“讨伐”。经过几个月的准备，王之佑于同年10月直接指挥进行秋季“大讨伐”，他也组织骑兵在讷河、龙江、嫩江一带打击王明贵领导的抗联三支队，曾在嫩江、甘南、阿荣旗等地交过战。1942年，王之佑又派兵在嫩江北霍龙门围攻王明贵，抗联三支队只好横渡嫩江，撤向阿荣旗、甘南一带活动。

以后，伪满“国军”由于实行征兵制，为提高军队素质，在奉天专门设立了陆军训练学校，王之佑在伪军中是公认的“训练有素”的司令官，因此他这把刀又被调任陆军训练学校校长，负责对三个军官班和一个军士教导队进行正规训练。

军官班总计130人，军事教导队则要分期对伪军中1400余名候补军士进行极为严格的训练。王之佑正要准备唱他的军事训练拿手好戏时，又因鞍山等地遭美军袭击，奉天防务吃紧，伪军政部又把他这位干将调任第一军管区司令官，他的任务除了继续派兵支援热河长城线上与八路军交战的战事外，更主要地是搞好辽沈地区的防务，鞍山做为防卫重点。

王之佑先派去两个高炮连负责防空，被美机轰炸后又派去3个工兵队，承担清理被炸现场和恢复生产的土工劳务，以后又加派两个工兵队帮助筑路，保证了鞍山昭和制钢所的正常生产，使日寇在东北的掠夺钢铁计划照样进行，为其军需生产提供了可靠的供给。也就在这时，王之佑被授予上将军衔，成了伪满最后一个上将。

王之佑这位行伍出身的职业军人，从1916年就开始带兵打仗，现在虽升为上将，却连个“将军”称号也没有，特别是他这个“上将司令”是个光杆司令官，只能指挥工兵，调动一下高炮连，干些后方勤务的事情。这对于“算尽机关”的“小诸葛”王之佑来说，真是个莫大讽刺！谁让他卖身投靠敌人，心甘情愿做关东军手中的“刀”呢！要知道，历史也会捉弄人的。